全国に約3,800社ある日吉・日枝・山王神社の総本社。
「ひえのやま(比叡山)」のふもとにあることから、従来は「ひえたいしゃ」と呼んでいた。
およそ2100年前、崇神天皇7年に創建されたとされる。山岳信仰・山王信仰の発祥。
最澄が庵を結んで以降、比叡山延暦寺の鎮守神の神社として強い結びつきで発展。比叡山焼き討ちにより日吉社も同様に焼失。10年の空白期間を経て復興した。
現存する日吉大社の社殿の多くは桃山時代に建設されており、当時の建造物が複数が密集する稀有な風景を残す。